中華聖方濟會秉承聖方濟的助人精神，在1950年代到達馬鞍山。是時這裏地處偏僻，交通阻隔，資源貧乏，毫無公用設施，遑論學校之設立。比利時籍的胡文義神父，見鐵礦場工人的子女，沒有接受教育的機會，便決定開辦義學。
1952年，他在馬鞍山山頂建立了一座小聖堂，當中包括修院、神父宿舍、辦公室及聖若瑟學校，為當時的礦場工人及馬鞍山原居民提供基本的教育服務。那時，學校只有課室一間，學生十餘人。及後居民日多，學位不敷需求，胡神父便擴展學校，在山下海濱建分校，讓更多貧窮子弟能入學讀書。至1971年，更在烏溪沙開設第三校舍，以服務該村的居民。學校收取的學生，家境都比較差，但在方濟會嚴謹的辦學風氣下，學生都取得理想的成績。
至80年代初，政府要填海發展馬鞍山，居民陸續遷往沙田，讓政府展開填海的工程。聖若瑟小學亦因學生驟降，只好關閉部份校舍，暫時隱伏山上。至86年，恆安村的標準校舍落成，重新招生，為方濟會在馬鞍山區辦學揭開新的一頁。由於教育的要求隨著經濟發展而大大提高，而馬鞍山區的人口亦激增，方濟會有感社區人士對教育的需求，遂向政府申辦馬鞍山聖若瑟中學。幾經波折，學校終於在1996年正式開校，創校校監胡健挺神父，創校校長甄偉英校長盡最大努力，開拓發展，讓更多的本區適齡學生接受高中的教育，也令方濟會士服務社群的愛火，得以代代薪傳，永不熄滅。
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學校大事回顧
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1996年
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1997年
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1998年
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- 舉行祝聖揭幕暨第一屆畢業禮，邀得當時教區助理主教陳日君主持祝聖禮
- 推行社區研究計畫：馬鞍山網上行(課程發展處校本課程計劃)
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1999年
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- 推行908立法會模擬選舉：「社會人、共同行」(課程發展處校本課程計劃)
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2000年
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- 舉行選舉成立本校第一屆家長教師會
- 建設綠色校園，獲得第一屆全港綠色學校季軍
- 優質教育基金展覽 (QEF Exhibition)
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2001年
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- 舉行第四屆畢業典禮暨五周年校慶
- 舉辦北京長城專題研習及考察團：「長城土成長」
- 資訊廊啟用
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2002年
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- 舉辦維園年宵攤位「辦年宵、學經濟」(課程發展處校本課程計劃)
- 第一屆學生會成立
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2003年
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- 成立聖若瑟電台成立
- 參與薈藝教育計劃─ 籌辦『夢幻彩衣縈鞍山』音樂劇 - 理工大學表演
- 舉辦中小幼年宵攤位日：普天同慶迎新春
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2004年
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2005年
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- 新翼大樓落成、舉行祝聖揭幕禮
- 設立電子教室
- 設置互動電子白板(Smart Board)、First Class(FC)內聯網
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2006年
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- 教育局進行校外評核，外評隊伍對本校發展給予正面回 饋及肯定
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2007年
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- 榮獲行政長官卓越教學獎
- 首批老師同學成為公教徒
- 參與關愛校園獎勵計劃(2007)
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2008年
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- 參與聯合國兒童基金會「友兒學校計劃」，並獲選為「友兒 學校」
- 榮獲關愛校園獎勵計劃優異獎(2008)
- 參與羅氏慈善基金與教育局合辦的第二屆「通識教育獎 勵計劃」
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2009年
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- 榮獲卓越關愛校園獎勵計劃主題大獎(2009)
- 參與北京研習體驗
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2010年
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- 獲評為關愛校園獎勵計劃榮譽學校(2010)
- 榮獲「連續5年關愛校園」榮譽
- 參與北京研習體驗
- 參與內地專家學者講座系列 [證書]
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2011年
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- 獲評為關愛校園獎勵計劃榮譽學校(2011)
- 參與北京研習體驗
- 榮獲社會福利署義工運動 [金獎]
- 電子教室最新發展 – 所有教室設互動電子白板(Smart Board)、First Class內聯網、引入短投投影機
- 初中開設英語授課班，銜接新高中英語教學課程發展
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2012年
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- 獲評為關愛校園獎勵計劃榮譽學校(2012)
- 榮獲社會福利署義工運動 [金獎]
- 英、數、文、理科協作推行跨學科英語課程(LAC)、跨 學科電子圖書閱讀課程
- 初中創意課程發展：設置互動會話室、創意動畫設計室、 專題探究室
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2013年
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- 法團校董會於2013年8月31日成立
- 獲評為關愛校園獎勵計劃榮譽學校(2013)
- 設立i教室 ( iClass)、推行iLearning 課程、於學與教中運 用iPad
- 推行中、英、數課後資優學生培育課程
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2014年
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- 獲評為關愛校園獎勵計劃榮譽學校(2014)
- 擴展學校圖書館、設立新演講室
- 榮獲香港通訊節2014年無線網絡定位遊踪比賽[亞軍獎 座]
- 推行iReading 課程
- 各學科eLearning課程最新發展
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2015年
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- 校外評核報告（詳情請連繫外評核報告）
- 教育局到校拍攝優秀課堂教學
- 榮獲「從文本到舞臺」賽馬會前瞻劇場教育計劃2015︰ 《八十日環遊世界》銅獎
- 榮獲關愛校園獎勵計劃優異獎(2015)
- 舉行中一成長及生涯規劃學習營及推行高中生涯規劃指 導老師計劃
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2016年
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- 開展WiFi900 -“加強學校的無線網絡基礎設施” 計劃
- 擴展本校iClass(電子)教室– 各教室配置互動電子白板 (Smart Board),First Class(互動學習平台)、短投投影機、無 線網絡化等.
- 建構學生自主學習課程、優化校本iLearning課程
- 榮獲「從文本到舞臺」賽馬會前瞻劇場教育計劃2016︰ 《八十日環遊世界》銀獎
- 舉行中一及中二成長及生涯規劃學習營、推行初高中生 涯規劃課程
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2017年
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- 二十周年校慶 主題: 馬鞍山下的方濟青年 [舉辦開幕典禮、校史室揭幕、開放日、晚會表演]
- 教育局副局長楊潤雄, JP (現任教育局局長) 訪校
- 榮獲香港大學頒發的『國際傑出電子教學獎』 (International Outstanding e-Learning Awards ) (2016/17) 金 獎
- 榮獲「從文本到舞臺」賽馬會前瞻劇場教育計劃2017︰ 《機械人法朗》金獎
- 教育城到校拍攝優秀課堂教學：eREAP – BrainPOP School Case
- 推行S2 STEM課程
- 推行及優化WiFi900 -“加強學校的無線網絡基礎設施” 計劃
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2018年
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- - 學校全面推行SMS短訊計劃
- 學校課室安裝電話
- 推動網上教學課程、優化STEM課程發展
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2019年
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- 學校採用電子通告e-notice
- 獲批優質教育基金「『一帶一路』捷德考察：共創、共享、 共善
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2020年
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- 教育局進行重點視學，旨在了解學校如何策劃，推行及 評估有關的工作，以及復課後的跟進，認為學校有效達 到「停課不停學」的目標
- 獲批優質教育基金「若瑟數碼校園電視台：促進學生自主 學習，發展多元智能」
- 學校參與教育局及香港大學推行之「“Language across the Curriculum”(LAC) Study」，對本校跨科英語課程給予正面 回饋及肯定
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2021年
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- 學校中一落實BYOD計劃
- 學校回應「高中四個核心科目的優化措施」，推行3X課程
- 優質教育基金「校本初中STEM教育計劃」獲批
- 中學IT創新實驗室獲批
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2021 年
(6 月)
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- 第二屆「尋真樂–老師慕道、再慕道」班開始。導師團由校董會資深導師、方濟會修士、神父、主教組成。
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2023 年
(2月)
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- 「老師宗教活動靈修日-圓滿無缺的福樂」由校監、校董負責帶領籌辦。地點:香港聖神修院。
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2023 年
(4月)
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- 第二屆本校慕道班老師於馬鞍山聖方濟堂領受入門聖事。
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2023 年
(6月)
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2024 年
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2025 年
(3月)
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- 「第28屆畢業禮」暨「校園優化工程祝福禮」，邀請夏志誠輔理主教主禮。
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2025 年
(3月)
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- 校監與校董黃李慕潔博士(臨床心理學家)，為全校教師舉辦「若瑟人素質•身心靈健康」工作坊。
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